Вегорукса – одно из самых древних сёл в Заонежье. В XV веке оно принадлежало богатому новгородскому боярину Ф. Глухову. К XVI веку здесь было уже несколько деревень, объединенных общим названием. Вегорукса была важным пунктом на древнем пути из Новгорода к Белому морю. На Кораблях из Шуи плыли по Онежскому озеру в Вегоруксу, а отсюда двигались уже по суше к Великой губе и дальше – на север. Поэтому здешняя церковь была не только культовым сооружением, но и своеобразным маяком для кораблей. Нынешняя Никольская церковь появилась приблизительно в XVII – XVIII веках, сменив более ранние постройки. Ее маленькая глава и обширная трапезная типичны для заонежского зодчества. Однако нигде в Заонежье нет столь внушительной мощной звонницы. В помещении Никольской церкви нашли несколько древних икон XIV–XV вв.